集保結算所已設置完備的風險管理組織架構，除透過董事會治理監督風險管理制度與機制有效運行，並於董事會下設置風險控管委員會監督風險管理事宜外，亦導入臺灣個人資料保護與管理制度(TPIPAS)控管個人資料相關風險，落實執行資安管理系統，品質管理系統及及內部控制與稽核制度，以確保業務營運安全無虞。