(一) 集中取引市場における売買の振替決済手続き
証券取引所／店頭売買センター(TPEx)の営業細則、業務規則の定めにより、集中取引／店頭売買センターで売買される有価証券の受渡し、決済は当社を通して行われなればなりません。
業務処理フロー
当社は、売買約定日に証券取引所／店頭売買センター(TPEx)立会終了後の取引約定データーを元に算出・作成された清算清算レポートを参加者に配信し、受渡決済の授受を行います。
当社は、T+2日10時までに、株券渡方参加者の株式振替を行い、T+2日に証券取引所／店頭売買センター（TPEｘ）の通知を受けて、株券受方参加者への株券振替を行います。
投資家は、売買受渡決済完了後、口座の残高が証券通帳に記帳されるほか、当社の音声応答システム及び集中保管口座情報の問合せウェブサイトを通じて随時確認することができます。
当社は、集中保管されている株券につき、権利落ち、配当落ち又は株主総会招集の際に、株主名簿を作成し、発行者または株式事務代行機関に提出し、名義書換手続きを行います。
(二) 店頭（ＯＴＣ）取引における振替決済手続き
顧客と参加者又は参加者間は店頭（ＯＴＣ）において売買される取引の振替受渡決済の手続きは以下のとおりです。
参加者は公社債の相対取引を行う場合、当社は取引双方の通知により振替口座に記録を行います。
参加者は株式等の有価証券の相対取引を行う場合、当社は店頭売買センター（TPEx）の約定データ及び売方参加者の通知により、取引約定日後第2営業日（Ｔ+2）までに振替口座に記録を行います。
参加者は条件付き転換社債（交換社債）及び新株予約権付き社債の相対取引を行う場合、当社は店頭売買センター（TPEx）の約定データ及び売方参加者の通知により、約定日に振替振替口座に記録を行います。
参加者は債権型有価証券の相対取引を行う場合、当社は売方参加者の通知により、振替振替口座に記録を行います。
参加者は条件付き債権型有価証券の相対取引で、かつ債券通帳による受渡決済を行う場合、当社は売方参加者の通知により、当該振替口座に登録を行います。売方参加者が顧客の口座番号を当社に対し通知しなかった場合、再鑑のため当該債券通帳を当社に交付することとします。
(三) 未公開株の相対売買に係る受渡決済手続き
非上場（店頭登録）の未公開株に適法、安全、透明な取引チャンネルを提供するため、店頭売買センター（TPEｘ）は2002年1月2日に未公開株取引制度を導入し、当社は当該未公開株売買の受渡決済を行います。
証券会社は、店頭売買センター（TPEｘ）の未公開株コンピューター価格交渉クリックシステムで売買が成立した後、店頭売買センター（TPEｘ）が約定データ及び決済方法を当社に通知し、当社が通知されたデータに基づき、以下のとおり決済を行います。
個々の取引ごとに行う決済：売買双方の資金・証券は売買約定当日に決済を完了します。
売買双方は、自身で資金受払を完了する方式（FOP）：売り手は、買い手の資金を受け取った後、直ちに当社に未公開株を売り手の証券会社口座から買い手証券会社口座に振り替えるよう通知します。
当社のDVP決済制度を利用します：買方証券会社は、売方に支払うべき代金を当社の指定銀行口座に送金すると同時に、当社に送金明細資料を通知します。当社は、当該資料を確認したうえ、当該株式を売方証券会社の口座から買方証券会社の口座へ振替し、指定銀行口座に送金します。
ネッティング決済：売買双方は、売買約定後第2営業日（T+2）に当社に対して決済を行います。
代金支払い証券会社：売買約定日後第2営業日（T+2）の午前10時までに当社の資金決済口座に送金します。
株式支払い証券会社：当社は、売買約定日後第1営業日に当該支払い株式数を当該証券会社口座の残高から引き落とします。
代金受取り証券会社：当社は、売買約定日後第2営業日（T+2）午前10時から指定の資金決済口座に送金します。
株式受取り証券会社：当社は、売買約定日後第2営業日（T+2）に、代金の送金が完了することを確認したのち、当該株式を当該証券口座に振替を行います。
(四) 有価証券担保取引（質権設定）振替業務
質権設定者及び質権者双方に有価証券担保取引（質権設定）サービスを提供するため、当社は、1994年5月2日に証券市場担保取引（質権設定）振替制度を導入し、質権の設定・解除、質権行使、質権移転、質権残高振替等の迅速、便利、安全な担保取引（質権設定）に係る受渡決済サービスを提供しています。
(五) 有価証券信託振替業務
顧客の集中保管されている有価証券を対象とした信託の需要に応え、当社は、2004年から受託者の信託保管振替口座の開設、委託者が集中保管されている有価証券を対象とした信託、信託利益の分配又は信託関係消滅による信託有価証券の振替及び信託有価証券の配当等の振替サービスを提供しています。
(六) 有価証券譲渡振替業務
譲渡・相続・贈与に係る振替サービス
当社は、2001年から譲渡、相続及び贈与における振替業務を開始しました。振替請求手続きは、まず投資家が関連の証明書及び税金完納又は免税の証明書を添付して参加者を通して当該関係書類を当社に提出し、当社から発行者または発行者の株式事務代行機関に転送します。発行者或いはその株式事務代行機関は、添付書類に不備がないことを確認し、名義変更を行います。当社は当該発行者または株式事務代行機関の通知を被譲渡者、相続人または受贈者の口座へ振替を行います。預託株式による発行払込振替および所有株式放棄に係る振替サービス
2008年から当社は、投資家が集中保管された株券で発起設立中の会社資本金又は増資による新株発行の会社資本金との相殺及び保有する会社株式の放棄等を行う帳簿上の振替作業を実施開始しました。投資家は、関連の申請書及び関連の証明書を添付し、取引相手の参加者に対して振替申請を提出し、参加者が投資家の添付した関連資料を当社を経由して発行者或いはその株式事務代行機関の審査のために転送できます。発行者或いはその株式事務代行機関は、間違いのないことを審査した後名義書換登記を行い、また当社に有価証券を設立中の会社、増資による新株発行の会社若しくは株主が放棄した株式を引き受けた会社の集中保管口座に振り替える旨を通知します。 前述の顧客は、株券で設立中の会社資本金との相殺を行う場合、当該設立中会社の代表者が関連証明書を添付して、相殺する株券の発行者に対して「○○会社設立準備処の代表者○○○」名義で「一般保管口座」開設を申請できます。株式事務代行機関のない有価証券の所有放棄振替サービス
当社は、2013年4月1日から株式事務代行機関のない有価証券の株式放棄振替サービスを提供しています。投資家は、公開会社宛の株式放棄通知の郵便局内容証明郵便、申請書及び関連証明書を添付して取引参加者に対して振替申請を請求し、参加者が投資家の添付した関連資料を当社に送付します。当社は内容確認を行い、不備がなければ、当社の「上場廃止発行会社有価証券特別口座」に振替を行います。当該発行会社による株式事務代行会社の指定が再開するまで、当社が前述の書類を当該株式事務代行会社にかわり保管します。