臺灣集中保管結算所的最高決策機構為股東大會，最高執行機構為董事會，為健全董事會管理及監督功能，並設有永續發展委員會、研究發展及費率審議委員會、風險控管委員會及基金市場研究發展諮詢委員會。
臺灣集中保管結算所由董事長擔任對外代表，設總經理一人，秉承董事會決定之業務方針，綜理本公司業務；副總經理二至三人輔佐之。本公司設有業務部、金融業務部、基金暨國際業務部、股務部、資訊規劃部、金融資訊部、資訊作業部、數位暨資安部、企劃部、管理部及勞工安全室、稽核室、投信輔導部、法遵暨法務室、財務室及內部查核室，另設置總稽核一人。
經營團隊
| 職稱 | 姓名 |
|---|---|
| 總經理 | 陳德鄉 |
| 副總經理 | 景廣俐 |
| 副總經理 | 吳力中 |
| 副總經理 | 黃蓁蓁 |
| 內部查核室總稽核 | 張紫薇 |
| 業務部經理 | 王銘祥 |
| 金融業務部經理 | 蕭元華 |
| 基金暨國際業務部協理 | 許傳昌 |
| 股務部經理 | 黃德平 |
| 資訊規劃部經理 | 繆翠蕙 |
| 金融資訊部經理 | 楊正豐 |
| 資訊作業部經理 | 王文政 |
| 數位暨資安部協理 | 陳鳳中 |
| 企劃部經理 | 汪明琇 |
| 管理部兼勞工安全室協理 | 陳子碇 |
| 稽核室經理 | 張貴盛 |
| 投信輔導部經理 | 林斯瑜 |
| 法遵暨法務室經理 | 白蕙華 |
| 財務室經理 | 王浩宇 |