董事會
集保結算所最高決策機構為股東大會，最高執行機構為董事會，由7位董事組成，皆為法人代表，分別代表臺灣證券交易所、元大證券金融公司與凱基證券公司，監察人共計3位，分別代表證券商業同業公會及臺灣期貨交易所。
功能性委員會
多元平等與人權
集保結算所重視公司內部相關多元平等氣氛，認同並承諾遵循國際人權相關公約包括｢聯合國人權宣言｣、｢聯合國全球盟約」等各項國際人權公約之規範，並恪守公司所在地之勞動法令，包含｢中華民國勞動基準法」與｢性別工作平等法」等，希望建立適當之管理方法與程序，以杜絕任何侵犯及違反人權的行為。由總經理裁示簽核通過公布｢人權承諾與政策｣，以建立安心的職場環境與良好的職場文化。